无需讳言，在大发展的同时，也带来了一些不容忽视的问题。

    1961年8月，时任国务院副总理邓子恢到北大荒调查研究，他一路走，一路看，召开座谈会，与转业官兵促膝谈心。

  “北大荒之行”为邓子恢提供了活生生的经济状况，他认真地思索科学社会主义的理论，特别是这块古老而棘手的黑土地引起的国营农场的经济理论问题。1962年2月28日，邓子恢就国营农场问题向党中央和毛泽东主席呈递了一份报告。报告中充分肯定了农场的成就，并对北大荒存在的问题进行了鞭辟入里的分析。对农场的经营方针、管理体制、场队规模、制度提出了重要意见，纠正了1958年以来存在的问题。随后，又主持制定了《国营农场工作条例》一部国营农场的“宪法”，经历几年的前进和曲折，凝聚了广大转业官兵、支边青年和职工们的汗水和心血，终于诞生了！

    1962年11月，中共中央和国务院对北大荒农场作出了新的战略部署！

　　之后，黑龙江省人民委员会设立农垦厅，下辖九三、赵光、查哈阳、红色草原农垦局。国务院决定撤消牡丹江、合江农垦局，成立东北农垦总局。