垦区种业已形成了新品种的选育、试验、繁殖、加工、检测、营销等完整的产业化体系，处于国内领先地位，在农业结构调整、增长方式转变、可待续发展中起到了保证作用。
一、新品种选育体系
垦区有8个专业育种科研所，开展了主要作物育种工作。先后审定推广新品种300余个。自育的优质水稻品种“空育131”占垦区水稻面积的80%；北丰系列大豆品种获黑龙江省重大科技效益奖；垦啤麦系列品种在垦区全面应用；高油大豆品种“垦农18号”、优 质小麦品种“垦红14号”、玉米品种“垦粘1号”成为国家优质粮基地建设的主栽品种。育种工作先后与德国、美国、日本等国家开展佳作，引进推广了一批优质品种。
二、新品种试验体系
垦区已建成10生态区、6个积温带的新品种试验所站49个。承担了国家、省、垦区的粮食、经济作物、饲草新品种试验任务。其中个所承担全国农作物新品种试验任务、26个所承担全国农作物新品种试验任务，年均承担新品种试验2000份次。
三、良种繁殖体系
垦区有种子生产队（区、站）486个，种子生产基地80万亩，年均生产各类作物原、良种30－50万吨。使垦区作物优质品种覆盖率达到97%。年均向周边市（县）辐射供种5万吨。
四、种子加工体系
大中型种子加工中心54座，加工小线88条、精选机848台、烘干机63台、包衣机322台，种子加工能力达到98%，包衣率达到96.4%，统供率达到92%。建成国家备荒救灾种子储备库，五年已累计向国家调出救灾种子近3400吨。
五、种子质量检测体系
标准化种子检验室（站）107个，具备部、省颁资质从事种子质量检验人员350人，总局和分局检验室已通过省级计量认证，形成了网络。种子检测能力达30万吨，保证了生产用种安全。
六、种子经营体系
2002年正式成立黑龙江北大荒种业集团，目前，用有红兴隆种业、九三种业、建三江种子公司和宝泉岭等5个分公司。开设种子营销点400多个，覆盖东北三省一区，并向全国伸延，年均销售各类作物原、良种25－28万吨，销售额达到4－5亿元。
